1998年国家教委对高校的专业进行了调整，管理学院的建筑管理工程专业调整为工程管理，房地产开发与经营专业改为工商管理专业，调整后学院共有工程管理、工商管理、会计学3个专业。管理科学专业2000年院系调整由原资源工程系划入管理学院，其前身是系统工程，1999年正式以“管理科学”招生，其中2005-2007年停招，2008年恢复，2010年再度停止招生。信息管理与信息系统2000年开始招生。国际经济与贸易、公共事业管理两个专业2009年11月院系调整由原人文学院划入管理学院。2018年10月，国际经济与贸易、文化产业管理、公共事业管理三个专业院系调整划入公共管理学院。
2004年研究生日常教育管理由研究生学院划归学院，2009年起管理科学与工程按二级学科招生，分为工程经济及管理、信息管理与信息系统、管理系统工程三个专业，行政管理专业2010年3月由原人文学院划入管理学院。2010年9月工程硕士（全日制）学生归学生工作办公室统一管理。2017年工程管理硕士（专硕）划归MBA教育中心管理。2018年10月行政管理专业硕士划入公共管理学院。
学院2019年按照“管理科学与工程类、工商管理类”两个大类招生，管理科学与工程类包含工程管理、信息管理与信息系统2个本科专业，工商管理类包含会计学、工商管理2个本科专业。学生入校后实行“1+3”的“通识教育+专业教育”培养模式，即第1学年按大类统一方案培养，第2至第4学年进入专业培养。在第一学年末，学院按照学生“志愿+成绩”的原则进行双向选择，择优确定，有特殊要求的专业根据专业特色设定相应条件。
